首先，三大农业主体的概念不一样。农业龙头企业是从事农业生产，具有较高的商品率，自主经营、独立核算的盈利性经济组织。农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。家庭农场是指以家庭成员为主要劳动力，从事农业规模化、集约化、商品化生产经营，并以农业收入为家庭主要收入来源的新型农业经营主体。三者概念不一样，所以发展定位也不一样。
其次，定位不同，决定了它们不同的运营模式。农业龙头企业凭借雄厚的资金、技术、营销实力，一般会适当延伸产业链，比如研发、加工、品牌等。农民合作社一般具有土地资源多、农民社员基础好等优势，更接地气，可以充分整合农村资源，实现多元化盈利。家庭农场依靠家庭成员实现适度规模的生产，可以有效降低生产成本，建立最有效的农业生产单元。
最后，政策扶持力度和要求也不一样。由于三者的定位不一样、运营模式不一样，国家对三者的扶持政策也不一样。龙头企业要求资金规模、盈利水平、品牌建设等；合作社要求社员规模、增收水平等；家庭农场要求土地规模、种养殖规模等。这些都是值得我们注意的内容。
