因为金枪鱼在快速游动过程中会消耗大量氧气，致使它的体内代谢速率加快，同时伴随着大量乳酸等酸性物质在肌肉组织及血液中产生并积聚。所以吃起来有酸味。
此外，金枪鱼在远洋钓捕过程中，鱼体剧烈挣扎，肌肉无氧呼吸加剧，造成大量无氧代谢产物(酸性物质)在肌肉中形成。鱼体远洋捕后死亡，在冷藏运输过程，其代谢活动随即停止，其游动过程中积聚的乳酸等物质在肌肉组织及血液中仍有贮存，致使其产生酸味。
因此，不仅仅蒸熟以后的金枪鱼发酸，新鲜程度高的金枪鱼也发酸，只是品种、等级、生长状态和熟成与否等因素会让酸感和酸度有所不同。
但因为其肉质中乳酸含量很高，所以直接加热后，酸感会更明显，现代对金枪鱼的脱酸技术不多，所以大部分都是通过制成调味罐头来平衡酸味的。
