《灵笼》第一季结局里暴走的马克被关进了实验室，为了救出被关押在实验室的马克，冉冰提出和马克一起离开灯塔，查尔斯答应了冉冰的要求，但是查尔斯却要让他们以远行的方式离开。马克和冉冰被赶出灯塔，马克有很大概率会加入白月魁的组织。
《灵笼》这部动漫的故事结局并未结束，而是来到了数十年后，全球地貌、气候与生态发生了翻天覆地的变化。生活在浮空城、荒漠、雪原等多种环境下的幸存者，演化出了截然不同的社会形态与生活方式。这些幸存者挣扎求生，追寻着人类遗落的文明并艰难探索着灾难的原因。然而，盘尼西亚之怒给人类带来毁灭性打击之余，也将他们身旁渴求着灵魂的狩猎者们从长眠中唤醒，更大的危机正在逐步将人类引向那古老而残酷的真相。
《灵笼》第一季到第十二集已经正式宣告完结，但是官方在第十二集的结尾给出了一个彩蛋，彩蛋的内容官宣了《灵笼》还会有终章，而终章的长度有六十分钟，可以说是一个小剧场版的长度了，不过终章的上线还要等到2021年，具体的上线日期暂时还未公布。
《灵笼》作为一部汉产科幻动画，不仅承接了科幻剧的情怀，故事中还凝聚了中华文化的精髓，剧作将人类不分种族地结合在一起，通过直击人类面对巨大困难时的艰难抉择与真实表达，将坚守道德、维护正义与承受代价等问题呈现给观众，希望通过动画传递出正确的价值观和世界观。据艺画开天创作团队介绍，使用《灵笼》作为剧名，也正是希望表达人类唯有团结一致，方能挣脱困境迎来曙光，并以此格局和寓意，为科幻作品赋予更深层的含义。
