1、人类的捕杀，造成物种减少甚至濒临灭绝。
2、破坏海洋环境，造成生物减少，缺乏食物来源。
3、有害污水的排放直接造成死亡。
补充：
海洋中绝大部分氧气和大气中60%的氧气是浮游植物制造的。须鲸却能灭浮游植物的劲敌——浮游动物。另外，齿鲸也有助于保持鱼类的生态平衡。齿鲸的食物就是以鱼为食的大型软体动物。因此世界上没有鲸，人类就要灭亡。
1986年对商业性捕鲸活动实行了暂禁令，其目的是挽救即将灭绝的鲸鱼，补足因大肆捕杀而减少的鲸鱼群的数量。为了遏止商业性捕鲸势头，印度洋被宣布为鲸鱼禁捕区。然而，这些养护措施似乎收效不大，由于新近出现的威胁加剧了鲸鱼的悲惨处境，现有13个鲸鱼物种中的7种鲸鱼仍然处于濒危状态中。
由于渔获量的限额往往定得过高，造成鲸鱼群不能很快繁殖。在日本和挪威，捕鲸商靠卖鲸鱼肉大发其财，在那里每千克鲸鱼肉可卖350美元。鲸鱼捕杀数经常被虚报，甚至有人曾以“科学研究”为幌子进行商业性捕鲸活动。
北大西洋露脊鲸已被捕杀到几近绝种的程度。露脊鲸行动缓慢——与大多数鲸鱼死后即迅速下沉不同，这种鲸鱼死后漂浮在洋面上——使其成为最容易捕杀的一种鲸鱼，它的名字也由此而来。尽管50年来一直对露脊鲸实施保护，在过去15年间北大西洋露脊鲸的数量却没有明显增加。除了自然死亡原因，有近90%的露脊鲸死于和过往船只的猛烈碰撞。
尽管在过去商业性捕鲸活动是造成许多鲸鱼物种灭绝的唯一原因，如今鲸鱼面临的威胁却来自其它方面：被钓丝缠住，有毒物质的污染，船只碰撞，鲸鱼觅食区域的天然气和石油工程，气候变化和生境退化等。
海洋环境污染对鲸鱼有着多方面影响。漂浮在洋面的化学物质被长须鲸吸收，并积聚在其体内油脂中。这些毒素随后慢慢进入其乳汁中，最终使幼鲸得病。
