本病的临床症状多出现在7～11日龄的健康乳猪中，有报道说猪等孢球虫引起了5～6周龄断奶仔猪的腹泻，腹泻出现在断奶后4～7天时，发病率很高（80%～90%），但死亡率都极低。
腹泻是本病主要的临床症状，粪便呈黄色到灰色。开始时粪便松软或呈糊状，随着病情加重粪便呈液状。仔猪粘满液状粪便，使其看起来很潮湿，并且会发出腐败乳汁样的酸臭味。
一般情况下，仔猪会继续吃奶，但被毛粗乱，脱水，消瘦，增重缓慢。不同窝仔猪症状的严重程度往往不同，即使同窝仔猪不同个体受影响的程度也不尽相同。
本病发病率通常很高，但死亡率一般较低。
