评选单位不同：中文核心期刊是北京大学图书馆联合众多学术界权威专家鉴定，目前受到了学术界的广泛认同。而科技核心期刊是中国科学技术信息研究所出版的“中国科技论文统计源期刊”，又称“中国科技核心期刊”，是目前国内比较公认的科技统计源期刊目录。
学科范围不同：中文核心期刊的学科范围主要为自然学科领域，而科技核心期刊的学科范围主要为自然科学、工程技术、农业科学、医药科学、天文学、地理学、生物学、基础理学、信息科学等领域。
评选方法不同：中文核心期刊采用的是引文数据计算法，而科技核心期刊采用的是被索量、被摘量、被引量、他引量、被摘率、影响因子、被引半衰期、论文地区分布数、基金论文数和自引总引比等综合评价法。
影响因子不同：中文核心期刊的影响因子一般在1.5左右，而科技核心期刊的影响因子一般在2.5左右。
综合来看，中文核心期刊和科技核心期刊在学科范围、评选方法、影响因子等方面存在差异，但都是在某一领域内较为权威的期刊目录。
