1、体型：首先，公母之间体型是有差别的。母鱼在成年之后，它们的体型会比较大，而且比较胖。公鱼在成年之后，它们的体型则是比较纤细的，看起来会比公鱼小一些。不过，若是不同批次的鼠鱼，那么从这个方面区分就比较困难了。
2、外观：另外，还可以通过它们的外观方面来区分。首先是它们的腹鳍，若是公鱼，那么它们的腹鳍会比较尖锐；若是母鱼，它们的腹鳍则比较圆。不过，从这个方面区分需要在它们的腹鳍没有磨损的前提下进行。再者是它们的腹部。在繁殖期的时候，母鱼的腹部会比较膨大，有时候比较容易观察到。
3、颜色：对于一些特殊的鼠鱼品种，可以从它们的颜色方面来区分。比如潘塔纳尔鼠鱼，母鱼的颜色比较单一，公鱼的颜色比较鲜艳，具有好看的花纹。
