神舟十二号主要任务是有四项：
开展核心舱组合体的日常管理；
开展两次出舱活动及舱外作业；
开展空间科学实验和技术试验；
进行航天员自身的健康管理。
也就是舱外维修维护、设备更换、科学应用载荷、空间科学实验和技术试验、航天医疗实验、（包括生活照料、身体锻炼，定期监测，以验证航天员长期驻留保障技术）等一系列任务。
这些任务的目的是：为了综合评估、考核航天系统执行空间站任务的功能和性能，为后续积累经验。
主要任务一：
神州十二号载人飞船入轨之后首先要与空间站天和核心舱，进行快速交汇对接。他们将进行一系列的初始化的工作。在空间站核心舱发射的时候，由于受发射环境的影响设备无法正常工作，所以是打包带上去的，需要重新安装或启动。
在国际航天经验中，航天员的很多工作是对舱内组装和维修，完成空间站的建造，并让其保持运行几十年
其中包括生活、工作环境的建立。本次是再生式系统，氧气、水等物资可以循环使用。也就是说用完了以后，可以对水重新净化、对氧气再生。有很多这方面的设备。
这和神州十一号，包括前六次载人升空完全不一样，可以说任务很多、很重。
这个任务的主要目的是，验证航天员长期驻留的考验。
主要任务二：
神州十二号飞行乘组还有一个非常重要的任务，就是两次出舱活动及舱外作业。有一个可能长达6小时的出舱活动。
这次的出舱任务相对于08年神州七号飞行任务中，刘伯明协助了翟志刚完成了出舱任务。本次神州十二号的出舱任务时间更长，而且任务更重。
三名航天员身穿舱外服，在压力下将一起配合进行机械臂的使用，主要是考验机械臂的安全、可靠、灵活性。
机械臂可以帮助航天员完成舱外作业，包括大型设备的搬运和人员的转移。
