最主要的区别就是分区的不同了，一区期刊综合水平必然高于二区期刊，除了这一点外，二者还有其他区别。
首先是影响因子的区别，sci期刊的分区都是根据影像影子高低来进行划分的，sci一区期刊的影响因子可以说是最高的，学术价值和影响力也是最大的，二区期刊次之，JCR分区中影响因子前5%的期刊为一区期刊，影响因子前20%为二区期刊。
其次从发表难度上来说也是不同的，一区期刊是国际范围内的顶尖学术期刊，它们的发表难度不是一般作者可以企及的，大名鼎鼎的科学和自然两大顶尖学术期刊就是一区期刊，国内发表一区期刊的作者往往是某领域内的专家学者或者科研机构，二区期刊的发表难度会稍低一些，国内有普通作者发表二区期刊的情况，而且近些年发表二区期刊的人数越来越多。
