生物碱的分类方法主要有3种，按植物来源、生源途径和基本母核的结构类型分类。大致有5类生物碱：如下所示：
（一）吡啶类生物碱 此类生物碱结构简单，很多呈液态。代表物有：槟榔碱、槟榔次碱，烟碱、苦参碱等。
（二）莨菪烷类生物碱
（三）异喹啉类生物碱
1.简单异喹啉类
2.苄基喹啉类
（1）1-苄基异喹啉类：代表物有罂粟碱、厚朴碱等。
（2）双苄基异喹啉类：代表物有汉防已碱等。
（3）原小檗碱类：代表物有小檗碱、延胡索乙素等。
（4）吗啡烷类：代表物有吗啡、可待因等。
（四）吲哚类生物碱
代表物有吴茱萸碱、马钱子碱、士的宁、长春碱、长春新碱、利血平等。
（五）有机胺类生物碱
代表物有麻黄碱、秋水仙碱、益母草碱等。
