两河流域文明的衰落时间一般认为是在公元前539年。波斯王居鲁士二世攻入巴比伦尼亚,巴比伦城不战而降,末代国王纳波尼德(Nabonidus)被俘,新巴比伦王国灭亡。从此以后,两河流域长期为外族所统治,其人民独立的历史不复存在 。