柴油机进水按以下步骤进行处理：
1、尽快把电瓶负极线拆下来，以免车上的各种电器因进水而发生短路。
2、马上对发动机进行检查，先检查发动机汽缸有没有进水，进水会导致连杆被顶弯，损坏发动机。
3、检查机油里是否进水，机油进水会引起机油变质，失去润滑作用，使发动机过度磨损。
4、检查变速箱是否进水，变速箱进水会使变速箱里的齿轮油变质，造成齿轮磨损。
5、检查刹车油，刹车油里有水会使刹车油变质，致使刹车失灵。
6、如果排气管进了水，要尽快把积水排除，以免水中的杂质堵塞三元催化器或损坏氧传感器。
7、检查电瓶是否进满了水，必要时请更换电解液。
8、自动变速箱车要检查自动变速箱和变速箱控制电脑是否进水。
扩展信息：
1、如果发现损坏现象，只要更换一个新的上去即可。事后还要全面清洗一次油底壳，毕竟里面已经掺杂了一些冷却水，肯定会影响机油的正常功效。
2、柴油发动机如果是缸筒进水了千万不要发动，空气可以进行压缩。而水是不能被压缩，如果启动的话就有可能造成缸头变形或连杆曲轴断裂致发动机报废。
