水獭在自然界基本上是没有天敌的，单个的水獭连鳄鱼也不怕，而且它们还是群居动物，一般来话，没有什么动物能够威胁到它，除了人类。
水獭的天敌是人类。
由于人们对工业高度发达的负面影响预料不够，预防不利，导致了全球性的三大危机：资源短缺、环境污染、生态破坏。环境污染指自然的或人为的破坏，向环境中添加某种物质而超过环境的自净能力而产生危害的行为。
栖息地环境劣变（主要存在于欧洲西部和中部）。由于其栖息地环境的污染，破坏了獭类栖息地和食物来源。污染严重的地方獭类会直接被毒死，在污染较低的地方，出现繁殖力低下，对疾病的抵抗力弱的恶果。
人类的无度狩猎（主要存在亚洲）。獭皮价格昂贵，肝脏被认为是贵重的中药材，猎獭者穷追不舍，使水獭数量剧减。
