大鱼海棠讲述了掌管海棠花生长的少女椿在人间巡礼时被困，被人类男孩鲲所救。而鲲却因救椿牺牲，为了报答鲲，椿决定冒着违背天神的风险复活鲲，而在这个过程中她不得不与命运做斗争，最后在湫的帮助下，椿与鲲都回到了人类世界。
在海天相连的海洋深处，生活着一群掌管人类世界运行规律的“其他人”。椿就是生活在这个世界的少女，在椿十六岁生日那天，化作了一只海豚在人类世界巡礼的时候结果被渔网困住，而人类男孩鲲为了救她牺牲了自己。
为了报恩，椿决定拯救他的灵魂。而复活鲲需要椿在自己的世界里让鲲的灵魂——一条小鱼成长为比鲸更巨大的鱼并回归大海才行。因为此举违背天神的指令，因此在整个过程中，椿遇到了重重的阻碍。最后在本是天神的湫的帮助下，男孩死后终于获得重生。
