巴基斯坦位于南亚，东与印度比邻，南面是印度洋，西与伊朗接壤，西北和阿富汗相连，东北面可通往中国新疆。面积为79.6万平方公里（不包括克什米尔），约等于法国和英国面积的总和，在全世界排第35位。国土南部沿阿拉伯海及阿曼湾有1,046千米（650英里）的海岸线，陆上边界总长6,774千米（4,209英里），分别为阿富汗2,430千米（1,510英里）、中国523千米（325英里）、印度2,912千米（1,809英里）及伊朗909千米（565英里）；与阿曼有海上边界，与塔吉克隔着寒冷、狭窄的瓦罕走廊。
巴基斯坦地势由西北向东南倾斜，全境五分之三为山地和高原，北有喜马拉雅山脉，西北有兴都库什山脉，东部为印度河中下游冲积平原，东南为塔尔沙漠的一部分。
