一、经费来源不同
民办专科是由社会集团、集体及个人投资的，自负盈亏，是国家高等教育体系有益补充的一种教育体制；公办专科是由国家拨款辅助的，是我国教育体制中的主要形式。
二、招生不同
民办专科一般是在高考生进入高考期后，会由本校派人直接到各地招收学员，由于不同学校，所以在招生时选拔学生的方法也不同。但有个别民办大专也会进入普通高考的录取；公办专科招生是由各当地教委抽取建档线以上，可以直接进入高等院校学习深造。
三、学费不同
民办专科主要是以盈利为目的，因此民办学校的学费会三年学费会贵一点；公办专科由国家或地方财政拨款，学费也是由当地物价局审定，因此一般不会太高。
四、对学生关心程度不同
民办专科的工资一般是通过学费来发放的，因此为了更多的学生入学，所以他们在教学上肯定会更倾向于学生；公办专科由于是国家拨款，一般对工资的需求不会太高，因此对学生的关心程度也会比民办学校低一点。
五、就业发展不同
一些公办类的专科院校，其专业设置也非常的合理，在社会上受到用人单位欢迎程度也比较高，也比较容易找到一份合适的工作；而一些民办类学校虽然开设的专业是一些非常热门的专业，但是由于教学质量上不太过关，在社会上的认可程度也并不是很高。
