1、科属区别：上面已经介绍过，梅鱼和小黄鱼是不同的两种鱼，它们的目、科都不同。梅鱼是鲤形目鲤科下的，小黄鱼则是鲈形目石首鱼科下的。所属的目不同，说明二者不仅不同，而且差异非常大。
2、生活环境区别：梅鱼和小黄鱼生活环境也不同。梅鱼生活在淡水之中或者咸水和淡水交界之处，而小黄鱼则有时候生长在河口附近，有时候生活在沿海近岸地区，对海水环境有着非常好的适应性。
3、习性区别：小黄鱼有一个突出的特征就是洄游，它们有时候在河口生长，有时候在海洋之中活动，进行不同活动时生活在不同的环境中，而梅鱼则没有这一特殊的习性特征。
