截至2020年7月，巴彦淖尔市辖1个市辖区：临河区，2个县：五原县、磴口县，4个旗：杭锦后旗、乌拉特前旗、乌拉特中旗、乌拉特后旗。市政府所在地临河区。
市辖区
1.临河区。临河区位于内蒙古自治区巴彦淖尔市中部，居河套平原腹地，坐落在黄河“几” 字弯上方，总面积2354平方公里。临河区是巴彦淖尔市的政治、经济、文化、交通、信息中心。
2.五原县。五原县位于内蒙古自治区西部，河套平原腹地，隶属巴彦淖尔市，五原县总面积2492平方公里。古郡五原有史2400多年，战国时属赵国九原郡西部地，汉武帝元朔二年设五原郡。
3.磴口县。磴口县，内蒙古巴彦淖尔市下辖县，位于巴彦淖尔市西南部，面积4166.6平方公里。著名景点游三盛公旅游风景区，阿贵庙，纳林湖，哈腾套海自然保护区。
4.乌拉特前旗。乌拉特前旗是巴彦淖尔市下辖旗，位于内蒙古自治区西部，巴彦淖尔市东南部，总面积7476平方千米。乌拉特前旗地处呼包鄂“金三角”边缘。包兰铁路、110国道、京藏高速公路成为全旗交通主动脉。
5.乌拉特中旗。乌拉特中旗位于内蒙古自治区巴彦淖尔市东北部，总面积23096平方公里。乌拉特中旗草场面积大，草原资源丰富，全旗可利用草场2198033.53公顷，占全旗土地总面积的95.1%。
6.乌拉特后旗。乌拉特后旗位于内蒙古自治区西北部，属巴彦淖尔市管辖，是内蒙古自治区19个少数民族边境旗县之一，总面积2.5万平方公里。乌拉特后旗被评为“2012年中国新能源产业百强旗”，位列全国第六名、自治区第一名。
7.杭锦后旗。杭锦后旗位于内蒙古自治区巴彦淖尔市中西部，总面积1644平方公里。 2019年12月31日，入选全国农村创新创业典型县。
