灵芝自然条件下晾干，然后用真空包装好，干燥、密封、避光保存。一般情况，保存方法合适，灵芝的保质期为3-5年。 新鲜灵芝对于食用来讲是很好的选择，新鲜的灵芝较长期存放的营养物质含量丰富，长期存放的干灵芝木质化程度要重一些，一般建议保存半年到一年半时间，食用。这样，灵芝的食用价值较好。
为了保证灵芝的最佳药效，干灵芝的保存方法适当的话，虽然能保证干灵芝的药效，但最好也不要超过三年，无论是新鲜灵芝还是干灵芝，保存时间过长，其药效肯定会有部分丢失。
灵芝采收后，去掉表面的泥沙及灰尘，自然凉干或烘干，水分控制在13%以下，然后用密封的袋子包装，放在阴凉干燥处保存。市场上散装的灵芝，使用前最好清洗后食用。置干燥处，防霉，防蛀。
灵芝风干了之后，干了比较好保存，因为它本身就比较干燥，只要密封保存，其实比起新鲜的灵芝，它保存的时间自然就久一点，如果是长期保存，可以将干灵芝放置在一个干净的瓶子或坛子里，然后投入适量的用文火炒至暗黄的糯米，待晾凉后放入，将瓶盖封严，搁置在阴凉通风处
