1、芽孢菌
芽孢菌是水产养殖中使用比较广泛的一种有益菌，其强大的分解能力最为推崇，主要分解大颗粒有机质，净水效果强大；如果遇到水体浑浊、大颗粒有机质含量过多的塘口，使用芽孢菌是最好的选择；同时芽孢菌在分解氨氮、亚盐、硫化氢等有毒物质效果也非常好，同时也是生物底改产品中最主要的菌种。芽孢菌也有很多种：地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌、丁酸梭状芽孢杆菌等。芽孢菌最大的缺点就是耗氧，过量或者频繁使用，对水体营养消耗严重，使用不当时会导致水混、缺氧等。
2、乳酸菌
乳酸菌在分解溶解性有机质方面效果突出，不仅可以降低水体黏度，减少氨氮、亚盐和硫化氢的产生，同时内服可调理肠道，促进营养物质的消化吸收，补充营养。对于pH值过高的塘口使用乳酸菌可以降低水体pH。但如果过量，频繁使用乳酸菌会造成水体偏酸pH值下降；内服过多会导致营养不良，甚至出现肠道变薄，红肠等。
3、光合作用
光合菌主要分解小分子有机质，处理氨氮，亚硝酸盐、硫化氢等，对氮源污染的塘口效果好；增强水体光合作用，治理绿色水质，抑制有害藻类，如：蓝藻、裸藻，能抑制细菌、病毒的滋生。缺点：阴雨天使用时效果会变差，水体pH值过低时效果也会受到很大影响，同时如果大剂量使用光合细菌，会导致pH值偏高的情况发生。
4、EM菌
EM菌是复合菌种，含有芽孢菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌、光合菌等。EM菌除了有净水、稳水的作用之外，内服也可以提高营养物质的吸收，保护肠道，减少肠炎的发生。单独使用主要起稳水作用，多配合芽孢菌、乳酸菌使用；和肥水产品同时使用可以增加肥效。
5、噬菌蛭弧菌
蛭弧菌是一种个体比较小的菌种，可以寄生在革兰氏阴性菌体内进行生长繁殖，裂解有害菌，比如：弧菌，被称为“生物消毒剂”。蛭弧菌同样也吸收有机质，一旦先与致病菌接触到有机质，其杀菌效果就会大大折扣，所以使用之前最好先处理掉过剩的溶解有机质，以保证其杀菌效果；同时也具有强大分解有机质净水作用，大量使用时会导致与藻类共生的有益细菌类死亡，导致倒藻，需谨慎。
