国家一级保护野生鱼类有4种，分别为中华鲟、达氏鲟、白鲟和新疆大头鱼。国家二级保护野生鱼类有 12种，它们分别是文昌鱼、黄唇鱼、秦岭细鳞鲑、花鳗鲡、大头鲤、金丝鱼、川陕哲罗鱼、胭脂鱼、大理裂腹鱼、松江鲈鱼、金钱鲃、克氏海马鱼。
1、中华鲟。中华鲟是我国特有的大型溯河洄游性鱼类，也是目前地球上现存最古老、最珍奇的幅鳍鱼类，它的祖先与恐龙同时代，被称之为“古生物的活化石”。它个体宠大，但摄食斯文，只吃浮游生物。主要分布于长江干流，珠江、钱塘江和闽江亦有分布。
2、达氏鲟。达氏鲟，又名长江鲟，俗称沙腊子，是一种淡水定居性鱼类。形态近似中华鲟，常在江河中下层活动，主要分布在长江中上游，亦进入大型湖泊。尤喜栖息于流速较缓、富腐植质和底栖生物的沙质底或卵石碛坝的河湾或深潭中。
3、白鲟。白鲟又称中华匙吻鲟，也称为中国剑鱼，是最大的淡水鱼类。因为其吻部长状如象鼻，俗称为象鱼、象鼻鱼，是最古老的鱼类，也是当今世界的珍稀动物。白鲟以鱼类为食，属凶猛性鱼类，主要分布于长江、钱塘江。
4、新疆大头鱼。新疆大头鱼又称“大头鱼”、“虎鱼”、“扁吻鱼”、“南疆大头鱼”等，属鲤科、裂腹鱼亚科、扁吻鱼属。它是中国的特产鱼类，也是世界裂腹鱼中的珍贵物种，有着极高的经济价值和学术价值。有古鱼类活化石之称，目前，仅存于塔里木水系，已在原最大产地博斯腾湖绝迹，被列入中国濒危野生动物红皮书鱼类部分中。
