在鱼池的一侧隔出一个过滤池，第一个仓室与鱼池池水相通，最后一个仓室用水泵把水抽回鱼池，这样鱼池的水不断地循环流动过滤。其中通过每个过滤单元里有许多有大量孔隙的过滤材料，利用过滤材料的吸附和阻隔，把水流里的杂物停留在过滤材料上，利用杂物自身的重力把它们沉降在每个过滤仓的底部，最后用水泵把清水仓的水抽回鱼池，同时通过落差达到给鱼池充氧气的作用，整套鱼池过滤系统自动水循环。
沉淀仓的作用：
沉淀仓是鱼池池水进入过滤系统的第一个单元，其工作原理非常简单，就是当水流通过PVC管进入沉淀仓后流速急剧下降，体积较大的固体杂物就因为自身比重较大的关系而沉降在沉淀仓里。很多人认为设计一个完全没有任何滤材的沉淀仓是在浪费空间，其实当他日后看到很多的固体废物沉降在这个单元里，而不是进入物理和生化仓室里时会庆幸这样做是完全有必要的。
沉淀仓需要有较大的体积以便缓和水流的流速，在沉淀仓里经常会采用一些孔隙较大的挡板之类的设计以减缓流速，这样较大颗粒的固体杂物就很容易被沉降下来。
