二者的主要区别如下：
第一、 株型不同：其中大叶黄杨和小叶黄杨从株型上看有很大的区别，大叶黄杨是一种灌木或小乔木植物，株高0.6～2.2米，小叶黄杨是大叶黄杨的变种，株型比小叶黄杨要小，生长的较为低矮。
第二、 叶片不同：其中大叶黄杨的叶片呈卵形、椭圆形或长圆形至披针形，长4～8厘米，宽1.5～3厘米，叶子的尖端较尖；而小叶黄杨叶子呈阔卵圆形或阔卵形，长7～10厘米，宽5～7厘米。
第三、 生长习性不同：其中大叶黄杨适宜生长在光照充足的环境中，具有一定的耐阴性，在淮河流域可自行越冬，在北方地区需进行保暖才能越冬，适宜生长在微酸或微碱性的土壤中生长；而小叶黄杨适宜生长在肥沃湿润的土壤中，抗逆性较强，花期在每年3～4月，果期在8～9月。
