淘宝发起申请退款后还会自动确认收货吗

不会的。

一个订单只要申请了退款，该订单就进入了售后阶段，不会自动确认收货的，之后会有一个等待卖家同意售后处理的阶段，大概是七天左右，在这七天之内，卖家没有拒绝退款操作就不会返回正常订单流程。如果卖家拒绝了，而你没有继续申请退款的话，就会继续收货时间了。