发酵EM菌的目的，是增加原液中的益生菌群体数量。益生菌的繁殖也是需要吸收营养的，EM原液中加入红糖，是给EM原液中的益生菌提供能量动力，益生菌吸收了红糖中的养分，能加速繁殖。
EM菌种，红糖和生水的比例是：
EM菌种：红糖：生水（切忌不能用自来水）=1：2：45
温度低于15度，需要17-19天，完成发酵，温度在15-25度，需要15天完成全部发酵过程，温度在25-35度，需要13天完成整个发酵过程。
发酵完成后，需要测试 PH值，PH值要保持在3.5以下。发酵好的EM菌，拿少量储藏做为种菌，可以反复发酵。
