董仲舒在新的历史条件下复兴了被扼杀达百余年之久的儒家文化，而且一个新的历史时期融会贯通了中国古典文化中各家各派的思想，把它们整合为一个崭新的思想体系。他的著作后来大都搜集在《春秋繁露》一书中。
董仲舒的哲学基础是“天人感应”的学说。他认为天是至高无上的人格神，不仅创造了万物，也创造了人。因此，他认为天是有意志的，和人一样“有喜怒之气，哀乐之心”。人与天是相合的。这种“天人合一”的思想，继承了思孟学派和阴阳家邹衍的学说，而且将它发展得十分精致。
董仲舒认为，天生万物是有目的的。天意要大一统的，汉皇朝的皇帝是受命于天来进行统治的。各封国的王侯又受命于皇帝，大臣受命于国君。家庭关系上，儿子受命于父亲，妻子受命于丈夫，这一层层的统治关系，都是按照天的意志办的，董仲舒精心构筑的“天人感应”的神学目的论，正是把一切都秩序化、合理化，正是为汉皇朝统治者巩固其中央集权专制制度服务的。
董仲舒利用阴阳五行学说来体现天的意志，用阴阳的流转，与四时相配合，推论出东南西北中的方位和金木水火土五行的关系。而且突出土居中央，为五行之主的地位，认为五行是天道的表现，并进而把这种阳尊阴卑的理论用于社会，从此而推论出“三纲五常”的道德哲学。这里所说的三纲是“君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲”。三纲五常为董仲舒提倡之后，成为我国古代维护历代封建皇朝统治的工具。
他认为“道”是源出于天的，“天不变，道亦不变”。即是说“三纲五常”、“大一统”等维护统治秩序的“道”是永远不变的。那么，如何解释皇位的更换和改朝换代呢？为此，他提出了“谴告”与“改制”之说。他认为统治者为政有过失，天就出现灾害，以表示谴责与警告。如果还不知悔改，就出现怪异来惊骇。若是还不知畏惧，于是大祸就临头了。
他认为人的认识活动受命于天，而认识的目的是了解天意。通过内省的途径就能判断是非，达到“知天”的目的。另外还必须通过对阴阳五行的观察，才能达到对天意、天道的了解。正是按照“尽心”、“知性”、“知天”的模式，达到“天人合一”。他还认为通过祭祀能与神相沟通，使之能看见一般人所看不见的东西，这样就能知道天命鬼神了。这种认识论达到了神秘的程度。
在人性论上，董仲舒异于孟子的性善论，也不同于荀子的性恶论，而是主张性三品说。他认为性是由天决定的，性是天生的质朴，虽可以为善，但并非就是善，只有“待外教然后能善”，即人性善是通过教育的结果。君王要顺天之意来完成对人民的教化。他着重教化，并提出“防欲”，比先秦思想家只讲“节欲”、“寡欲”更为深刻。
董仲舒的思想，是西汉皇朝总结历史经验，经历了几十年的选择而定下来的官方哲学，对巩固其统治秩序与维护大一统的局面起了积极的作用。董仲舒不仅是正宗神学的奠基者，又是著名的经学家。他是一位承前启后、继往开来的思想家，为以后的封建统治者提供了如何进行统治的理论基础。
董仲舒思想的主要特色，是以儒家学说为基础，引入阴阳五行理论，建成新的思想体系。董仲舒说：“王道之三纲，可求于天”“天不变，道亦不变”，董仲舒以“天人感应”的神学思想宣称：帝王授命于天，是秉承天意统治天下的，因此成为“天子”。按照这个说法，帝王自然就具有绝对的统治权威，这是汉武帝最需要的精神武器。董仲舒从天人关系出发，又根据“阳尊阴卑”的思想，建立一套“三纲”“五常”的伦理学。董仲舒建议统一学术，统一思想，直截了当地提出了“大一统”的政治思想，为维护封建统治帝王的绝对统治服务。
