主要还是因为汉武帝本人特别相信巫蛊这类东西。
巫蛊之祸最开始和宰相公孙贺的儿子公孙敬声有关，公孙敬声和阳石公主通奸，还被人告发背地里用小人诅咒汉武帝。其实历史上这种诬陷人的手法屡见不鲜，隋太子杨勇就是这样被废的。还珠格格里也借用了这样的情节。但不管公孙敬声是否被冤枉，结果和阳石公主都被杀了。
接着，汉武帝更加疑神疑鬼了，凡是有谁被人告发诅咒他的，全被他杀了，杀了有几百号人，这事还没完。他怕身边还有人诅咒他，于是就找了一个叫江充的人彻查此事。江充也许有点科学精神，心里知道这事没法查。但是这又是一个诬陷政敌的好机会。于是在全城来了一次地毯式的搜索，果然发现很多人都搞这个。诬陷了几万人。他甚至搜索到了太子的宫殿和皇帝的后宫。终于有机会诬陷太子了。
江充找了几个死党一起告发太子诅咒汉武帝早点死，好登基做皇帝。太子听了很害怕，于是趁着汉武帝当时不在皇宫，派人把江充抓来杀了。汉武帝听信谗言以为太子谋反，派兵剿灭他，刘据知道局势无可挽回，自杀而死。
然而巫蛊之祸并未就此终结，汉武帝后来知道太子被逼无奈，并非真的起兵谋反，后悔不已，于是将当初诬陷太子的人又杀了，这次又牵连很多人。
总而言之，巫蛊之祸的根源在于汉武帝迷信和任用奸人。是汉武帝晚年比较严重的一次政治过失。
