煮好的珍珠放入冷水里，置于常温下可以保存3-4个小时，如果超过这个时间，珍珠会开始转硬，此时再加热煮一煮，可以继续延长2小时，一般奶茶店保存当天的珍珠多采取这个方法，如果放入冰箱的话，需放入糖水里，这样可以防止珍珠变硬，维持Q弹的口感，但不可以直接放入冰箱，因为珍珠是用木薯粉做的，其含有的淀粉较高，而冰箱温度在3-7度左右，会加快淀粉的老化速度，反而会加快珍珠变硬的速度。
另外商业中需要长久的保存珍珠的话，要添加适量的防腐剂，这样珍珠才能保存时间更长，而且味道和口感都不会发生变化，大约能放10天左右，但防腐剂过多摄入对健康不利，平时自制珍珠的话不建议放。
