很多化石都是从大海、湖泊的泥砂、砾组成的地层中挖掘出来的。化石是从前的生物，也是形成地层的主要成分之一。
在动手挖掘化石之前，首先应该详细调查一下埋藏化石的地层。这是了解化石在什么时代、什么情况下产生的一项重要工作。只有了解了地层的分布情况，才能在不同地点挖掘出多件同一种化石。
这和挖红薯不一样，为了不损坏化石，有时要把化石和周围的岩石一起挖出来。另外，顺着地层的堆积面挖也是一个窍门。
工具可以用鹤嘴形挖化石用锤子或用锤子敲打凿子。此外，还需准备一些收拾整理化石用的旧报纸和塑料袋。勘察地层需要地图、皮尺。勘察地层分布情况需要磁铁或测斜仪（方位磁铁和水平仪）。如果上述工具都已备齐，就可以动手挖掘化石了。
