通常情况下，刚入手的凤眼菩提不会清理的非常干净，纹理中会有果肉的残留物，如果直接盘玩，日后纹理中会越发变黑，看起来会很脏，影响整体的品质，所以建议入手后先进行清理工作。
工具:牙刷，清水，干净抹布。
首先用剪刀把牙刷的刷毛剪去一半，以提高刷磨力度。再用抹布沾水湿润凤眼菩提表面，孔眼避免进水，然后就用牙刷刷吧，刷干净后再用抹布擦拭干净。最后将菩提阴干，不见风，不日晒，建议放到抽屉里阴干即可。再拿出来的时候就干干净净的。
清理干净后继续盘玩，最好每天晚上用干毛刷进行干刷，这样会有利于包浆的形成和清理表面污渍，能少用水洗就少用水洗。当表面包浆形成后，其也不容易附着污垢了。
