生化危机作为整个系列的第一部，也是口碑最佳的一部，主线清晰，任务明确，完美的还原了游戏剧情。
保护伞公司Umbrella是一家暗地里进行T病毒研究的药品公司，在浣熊市地下建了一座名为<蜂巢>的基地。
Alice和公司另一名保安组成一队假夫妻保护蜂巢的入口。Alice的假老公为了偷走T病毒去卖，盗走了T病毒，并打碎其中一瓶，感染了整个基地。基地的人工智能<红后>为了防止病毒扩散关闭了整个基地，并启动了防御系统释放了神经毒气，迷晕了Alice和他假老公，以及前来手机保护伞公司罪证的‘热心公民’Matt。检测<蜂巢>的异常，保护伞公司派出了一只特遣小队（第五部还会以克隆体身份出现）前来关闭<红后>。
吸入神经毒气Alice和他的老公以及Matt都陷入失忆后遗症，被特遣队抓住，一同乘坐轨道列车进入蜂巢。在关闭<红后>的过程中，特遣队几乎全部扑街，Alice、假老公和Matt也相继的慢慢想起了自己的回忆。在即将离开蜂巢时，感染了的假老公将Alice等人困在房间里先行逃脱，在来的轨道列车上找到了解药却遭遇了舔食者（舌头超长的爬行怪），假老公扑街。
Alice等人脱困后来到列车上，利用启动的列车把猎杀者（舔食者得到假老公基因后进化而成）拖在地上摩擦摩擦，猎杀者扑街。然后此时幸存者只剩下Alice和Matt两人。
逃出基地以后的Alice和Matt本以为终于得救，却被早已守在门口的保护伞工作人员抓住进行实验。至此，复仇女神计划启动。
