在飞机上，排泄物是被储存并在飞机着陆后进行处理的。飞机上有一个称为“污水贮藏舱”的密封区域，用于收集厕所里的废水和粪便。舱内通常配备了防止异味扩散的设备，以确保乘客的舒适度。一些现代化的飞机还配备了称为“真空马桶系统”的卫生设施，这种系统可以将粪便和废水通过真空效应直接吸入到贮藏舱中。
当飞机着陆后，其余废物和垃圾一起处理。通常情况下，航空公司会委托专门的清洁服务公司对飞机进行清理和维护，包括排泄物、垃圾和其他污染物的清理和处理。所有这些处理过程都必须遵守严格的环境法规，并采取合适的措施以确保不会对环境造成危害。
