王琪曾自述说《站着等你三千年》是以自己和妻子为原型写的。
《站着等你三千年》歌曲中描述的故事：歌中有阿哥和阿妹两人，各自住在梅王雪山的两边。天公作美。他俩在雪山上相遇。阿哥和阿妹一见钟情，只盼天天相见，所以经常翻过雪山来小聚。俩人山盟海誓，“今生今世永不相离”。然世事多变，天有不测，阿妹家里人突然要嫁她给别人，消息传来，阿哥悲痛欲绝。
阿妹出嫁的头天晚上，阿哥翻山来到阿妹房前。阿哥伸长颈勃看呀看，只希望能够最后看阿妹一眼。然而阿妹始终不肯相见。情急之下，阿哥站在门外拉起阿妹熟悉的胡琴，唱着阿妹喜欢的歌；琴声歌声响了一晚。天亮了，迎亲队伍与太阳的光一起上门来！靓靓的阿妹身上靓靓的嫁妆刺痛了阿哥的双眼。阿妹上了花轿，阿哥哭翻在地！情深的阿妹在花轿里对倒的阿喊了一句话：“不要等我！”花轿与阿妹一同消失在阿剌痛的眼眸里。
阿哥在悲痛和思相恋艰难度过了6年，终于知道心中的阿妹早已去了仙界。得知阿妹所谓远嫁的真相，只是想让他“不要等我！”，阿哥跪倒胡杨林间阿妹的坟头，伤心欲绝。原来，阿妹早已知道自己身患绝症，她不想拖累阿哥，所以和父母一同设计并演出一场“远嫁”的戏，希望阿哥忘掉她。然而，痴情的阿哥心中只有她，绝对容不下其它的小妹。阿哥决定，在胡杨林《站着等你三千年》！
