扫描电镜的电子束不穿过样品，仅在样品表面扫描激发出二次电子。获得图像为立体形象，反映标本的表面结构。因此扫描电镜标本无需制成薄片。
透射电镜的电子束通过样品后由物镜成像于中间镜上，再通过中间镜和投影镜逐级放大，成像于荧光屏或照相干版上，分辨的细微物质结构；因此能在看到表面的图象的同时也看到内层物质。标本必须制成超薄切片（50～100nm）。 简而言之，扫描电镜观察的是样品表面的形态，而透射电镜是观察样品结构形态的。两者大体上结构一样，只是程序原理上不尽相同。一般情况下，透射电镜放大倍数更大，真空要求也更高。
