《明史》记载马皇后：“仁慈有智鉴，好书史”。确实，马皇后是中国古代皇后中最为仁慈的一个，而丈夫朱元璋在历史上则是一位出名的喜欢杀功臣的皇帝。按照《明史》的记载，马皇后对朱元璋的做法并不认同，曾经劝他平定天下以不杀人为本，并且还从朱元璋的手里救出了好几条人命。
朱元璋喜欢杀人，史学家对此多有评说。当时大概只有马皇后才敢劝他不要多杀，而且也只有马皇后的话朱元璋才能听进一些。非但如此，他还每每对臣下称赞马皇后的贤惠，将她比做唐太宗的长孙皇后。
朱元璋登基称帝后，鉴于前朝皇宫内廷兴风作浪，因此谕令：“治天下者，正家为先。正家之道，始于谨夫妇”这话的意思是说，后妃们虽然母仪天下，然而不能参与政事。尽管朱元璋不想让后妃们参预朝政，可对于马皇后他似乎又“网开一面”。
有一次，马皇后问朱元璋：“现在天下安定吗？”朱元璋认为这是政事，不是皇后该过问的事。马皇后却不依不饶说：“陛下是天下人之父，我就是天下人之母，子民是不是安定，为什么不可以问问？”可见，朱元璋的禁令对其他人可能起作用，对马皇后作用不大。
当然，马皇后行事也是有限度的。有一次朱元璋前朝议事，散朝后百官要留在宫中吃饭，马皇后要太监取来他们所吃的饭菜亲口尝一尝，结果感到不好吃，她就对朱元璋说当皇帝的对待自己要薄，奉养贤者要厚。一番话下来，将朱元璋说得无地自容，赶紧让御厨更换可口的饭菜。
在很多影视剧作品中，都故意塑造出朱元璋怕马皇后的一幕。其实，这种艺术加工是不符合历史实情的。马皇后当初嫁给朱元璋的时候，利用自己是郭子兴养女的身份给予了丈夫很大的帮助。朱元璋被冤枉囚禁的时候，马皇后从厨房偷来炊饼藏在怀中，身上的皮肤都被烫伤了，这让朱元璋深为感动。
其后，在朱元璋起兵时，马皇后又与将士家属同心协力缝制衣甲鞋袜辅佐军用。或者可以说朱元璋是男中豪杰，马皇后则无愧于女中魁首。等到富贵之时，朱元璋依然对这位相濡以沫的发妻敬重有加。显然，对于马皇后，朱元璋怕是谈不上的，更多的是体现出患难真情和相互尊重。
在马皇后身上还有一点也尤为可贵，她从不为娘家人谋利益。朱元璋想寻访马皇后的家人赐给他们爵位，马皇后不肯，认为爵禄赏赐外家不符合国家法度，竭力加以推辞。此事后来没有实现，只是封了她的父亲马公为徐王，母亲郑氏为夫人。这些不过是封号而已，马皇后的娘家并未得到任何实惠。朝廷上下，对此当然是很佩服。
洪武十年（1377年）八月，马皇后病重，大臣们请求祷祀仪式。马皇后却很通达，对朱元璋说：“死生命中注定，祷祀有什么益处。”临终前，朱元璋问她有什么话要交代，她说出了自己的遗愿：“愿陛下求贤纳谏，慎终如始，子孙皆贤，臣民德所而已。”不久，马皇后病逝，终年51岁，死后葬于孝陵，谥孝慈皇后。
马皇后的去世对朱元璋的打击很大，他大哭了一场，原本性格刚强的他如此痛哭，想来也是真情流露。这一年朱元璋50岁，之后，他一直虚悬皇后之位，算是对糟糠之妻的一种悼念吧。
马皇后去世伤心的不仅仅是朱元璋，更绝望的还是淮西集团的那些功臣们。他们知道，朱元璋喜欢杀人，以前有马皇后在还能劝住他。如今，马皇后一死，皇上更是随心所欲，无人替他们从中周旋了。因此，在马皇后的大丧仪式上，哭的最情真意切的就是这些功臣宿将们，其实他们也是为自己将来的命运哭泣。
