这是究极风暴系列的原创剧情。在官方的动画是没有的。他脱离小组织的原因是：1.大蛇丸和晓组织目的不同
在三代火影一时心软放走了大蛇丸后，他随即下达了追捕大蛇丸这名叛忍的命令。而当时的大蛇丸并没有取得多大的实验成果，不仅未掌握秽土转生之术，而且还没有培植属于自己的势力，因此他选择暂时待在晓组织。毕竟大蛇丸已经沦为S级叛忍了，而晓组织这个叛忍避难所对他来说是最适合容身的地方。
不过大蛇丸是一个很有野心的人，他是不会甘愿帮晓组织收集尾兽打工的，所以和晓组织目的不同的大蛇丸，一开始就做好了临时跑路的打算。而在之后的剧情中，赤砂之蝎和迪达拉去追杀退出了晓组织的大蛇丸，这时的大蛇丸已经掌握了秽土转生之术了，所以他在面对晓组织的追杀时还能有恃无恐。
