一、指代不同：1、边检：边防检查，对出入国境人员的护照、证件、签证、出入境登记卡、出入境人员携带的行李物品和财物的检查。
2、海关：依据本国（或地区）的法律、行政法规行使进出口监督管理职权的国家行政机关。
二、职责不同：1、边检：对出境、入境的人员及其行李物品、交通运输工具及其载运的货物实施边防检查；按照国家有关规定对出境、入境的交通运输工具进行监护；对口岸的限定区域进行警戒，维护出境、入境秩序；执行主管机关赋予的和其他法律、行政法规规定的任务。
2、海关：监管进出境的运输工具、货物、行李物品、邮递物品和其他物品；征收关税和其他税、费；查缉走私；编制海关统计；办理其他海关业务。
三、内容不同：1、边检：护照检查、证件检查、签证检查、出入境登记卡检查、行李物品检查、交通运输工具检查等。2、海关：除法律另有规定的以外，在海关监管区检查进出境运输工具；在海关监管区和海关附近沿海沿边规定地区，检查有走私嫌疑的运输工具和有藏匿走私货物、物品的场所，检查走私嫌疑人的身体，检查与进出口活动有关的生产经营情况和货物。
