黑客帝国3，机器准备第七次毁灭锡安（人类地心城市）。人类岌岌可危，根本没有胜算。由于伴随neo产生的程序斯密斯（总跟neo打的那个）已经失控，占领了整个母体（机器控制人类的虚拟世界）。neo冒死去机器城跟机器老大去谈判。要求和平。
谈判的筹码就是neo能消灭斯密斯。否则斯密斯会脱离母体扩散并控制整个机器城。机器答应了neo的条件。于是neo在机器城接入母体，与斯密斯来了场终极对决。最终neo赢了。机器旅行诺言也放弃了对锡安的进攻，所以乌贼们都回去了。
至于在母体里面的人类。给了他们自由选择的权利。想留在母体的继续留在母体，想脱离母体的可以自由脱离。就是最后的画面，先知和母体设计者的对话。
neo为人类和机器争取来了一段时间的和平，和平能持续多久谁也不知道。
整个黑客帝国到此结束。
如果是你在母体里，你是选择留在母体，还是选择脱离母体呢？
