九字真言原出于晋朝葛洪的《抱朴子》。
抱朴子曰：“入名山，以甲子开除日，以五色缯各五寸，悬大石上，所求必得。又曰，入山宜知六甲秘祝。祝曰，临兵斗者，皆阵列前行。凡九字，常当密祝之，无所不辟。要道不烦，此之谓也。” 六甲秘祝是道教灵宝派的正传。
九字真言可能是和阴阳道一起传到日本的。
但是，把九字真言“临兵斗者皆阵列在前”的每个字和手印、咒语还有超能力配在一起的方法，无论在道教和佛教里都是没有的。
那么在漫画、游戏、网络上广为流传的例如把"阵"配上供养会、内缚印、莲花生大士咒等所谓九字真言修炼法是源自哪里？这种大杂烩的“九字真言”只有数十年的历史，是由日本新兴宗教“阿含宗”的教祖桐山靖雄发明的（也有人把阿含宗当做密教的一支）。由于阿含宗在日本也是有一定势力的宗教团体，九字真言就经过漫画、游戏、小说等媒体进行传播。在中国，许多网民不知其来历，受神秘学热潮的影响，宣传“九字真言”的也很多。
阿含宗是否是邪教目前还有争论，但是有个叫麻原彰晃的家伙曾经加入过阿含宗。
