花椒采收要选择晴朗的天气进行，避开阴雨天，以免晾晒难和影响色泽风味，导致品质下降。花椒采摘时,在大椒穗下第1个叶腋间有一个饱满芽，这个芽是下一年的结果芽，要注意保护，不要摘除。在花椒弱枝果穗下，第1个芽发育不充实，第2个或第3个芽发育健壮，采摘时，以抹除第1个芽而保留第2、3个芽，起到小修剪的作用。
叶丛枝上无壮芽，只有瘦弱芽时，很难发育成花枝，所以在采摘时，适当抹除大部分叶丛枝，一般保留三分之一，缺枝部位的叶丛枝应适当予以保留，以培养成健壮的结果枝，充实空间，扩大结果部位。应尽量避免弄破花椒果实表面的油腺，以免影响花椒品质。
人工徒手采摘花椒的方法，是目前国内外最主要的采集方法，它可做到先熟的先采，后熟的后采。其主要缺点是采摘时刺易扎手，速度很慢，工作效率低。
花椒采收后．树体就开始充分利用叶片制造的养分进行营养积累。因此，必须要加强对叶片的保护，除做好必要的病虫害的防治外，还可以进行叶面施肥，以提高叶片中的叶绿素，增加光合作用。
