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目前流传下来的《滕王阁序》的版本，主要有两个版本，一个在中国，一个在日本。
中国版本的开篇是“南昌故郡，洪都新府，星分翼轸，地接衡庐......”；而在日本皇宫发现的公元707年(日本庆云四年，即滕王阁序创作后的26年)收藏的《滕王阁序》的抄本，开篇却是“豫章故郡，洪都新府，星分翼轸，地接衡庐……”，这也就是今天我们所使用的版本，专家们给出的解释是，“豫章故郡”是原版，而“南昌故郡”只是为了避唐代宗李豫的讳，而作此修改。
还有一处不同的是，中国版本为“落霞与孤鹜齐飞，秋水共长天一色”；而日本皇宫的抄本，却是“落霞与孤雾齐飞，秋水共长天一色。”对于“鹜”和“雾”由于一直没有定论，最后学者们一致认为，还是使用了原本中的“孤鹜”。
