截至2016年，暂未有效鉴别河豚干是否存在残留毒素的方法；对于来源不清楚的河豚干谨慎食用。
1、河豚若加工不慎河豚毒素就会留存，因此便出现了中毒现象。毒素少的就会引起呕吐头晕等现象，但是毒素多的话，就会导致人死亡。
2、很多人以为加工过的河豚，晒干就没有毒了，其实是错误的。如果加工中稍有不慎将其毒素渗入，河豚鱼干也会带有毒素。河豚的毒素化学性质稳定，就算用日晒、加热、盐腌也不一定能破坏。我国许多地方曾发生过使用河豚鱼、河豚鱼干中毒引发死亡的事件。
3、河豚鱼中所含毒素为河豚毒素，简称TTX，是一种毒性极强的蛋白质毒素，毒素主要存在于河豚鱼的性腺、肝脏、脾脏、眼睛、皮肤、血液等部位。虽然河豚的肉一般不含毒素，但河豚死后毒素可以从内脏渗入肌肉中。当人食用有毒河豚鱼后1～2小时有呕吐，口、唇、舌尖、手指感觉发麻等初步中毒症状，随后舌端感觉迟钝，步履言语困难，进而导致呼吸困难，血压下降终至致命，致死时间为1.5小时到8小时，一般多在4～6小时。目前治疗河豚毒素中毒尚无特效解毒剂。
注：2011年6月，国家食药监局办公室也曾下发通知，严禁任何餐饮服务提供者加工制作鲜河豚，一旦发现将按照《食品安全法》处以罚款，甚至吊销许可证。
