区别在于：产地不同、培育方法不同，外观不同、香味不同、果肉不同、手打后味道不同。
产地不同：广东香水柠檬种植基地位于广东省梅州市梅县区石扇镇新东村；海南香水柠檬为中国台湾培育品种。
培育方法不同：广东香水柠檬，购买优质的香水柠檬小苗，先把幼苗放到水里，浸泡20分钟， 在盆里挖好坑，并把带有十球的小苗放进去，用十将它的根系埋好， 种植好之后要给它浇透水，但是不能给它施肥， 在种植之后要放到阴凉处养护即可；海南香水柠檬，福建省热带作物科学研究所于2010年3月引进以平和酸柚为砧木的香水柠檬嫁接苗试种。
外观不同：广东香水柠檬果形较短，表皮相对粗糙，尾部较长，而海南香水柠檬果形较长，表皮光滑，尾部较短。
香味不同：广东香水柠檬，只要指甲抠一下果皮就能闻到刺鼻而令人惊讶的香味，海南香水柠檬香气比海南香水柠檬淡很多。
果肉不同：切开的后是无籽的，广东香水柠檬皮厚肉少，海南香水柠檬皮薄肉多。
手打后味道不同：广东香水柠檬用手打后香味更浓，酸味没那么酸，但是打起来需要讲究技巧，打皮不打肉，不然容易涩，海南的香水柠檬香味还是比较淡的。
