从地形地貌两方面看，直布罗陀海峡跨海大桥之所以困难，是因为:
海底地形地貌，海峡几乎是一个“V”字的地形。从海峡同大陆的交界处往海洋方向走上一公里不到，海峡的深度就有到300米以上（相当于海岸和海峡之间存在着一面近90°的悬崖），而海峡中部最深处达1181米。这如果要修建桥梁，还至少要在海峡的海底往下再挖数十米，加上泡在海水里的桥墩，每一个桥墩都要的高度要超过300米，在海峡中部的桥墩还要更高，这几乎是个不可能完成的工程。海底隧道也是，需要在陆地上就要下挖近千米的深度，还要往横向再挖14公里以上，难度可想而知。
直布罗陀海峡海底的洋流。我们可以发现，直布罗陀海峡表面的海水流动方向是从西往东，而底层海水的流向却是相反的（从东往西），并且其流速很快达到了7-8公里每小时，快速流动的海水又给桥梁的修建增加了难度。当然不排除未来科技的进步，使得修建跨海工程的难度降低。
