云居寺创建时形成了三院格局：即东峪云居寺，又称东云居寺、东峪寺或东域寺，在石经山以东；西峪云居寺，又称西云居寺、西峪寺或西域寺，在石经山以西，即后世之云居寺；中峪云居寺，又称中云居寺、中峪寺或中域寺。
此外，石经山上以华严堂为中心，形成了石经寺，又称云居上寺、雷音寺。在距云居寺不远的岩上村，还有专供刻经的磨碑寺。
此后，云居寺的刻经事业历经玄导、僧仪传至惠暹、玄法，尤其在盛唐开元、天宝年间为房山刻经的全盛时期，因为得到了唐玄宗的八妹金仙长公主的大力支持。
730年，唐玄宗经金仙公主奏请，颁赐新旧译经4000余卷，作为刻经底本，命长安崇福寺沙门、著名的版本目录学家智升亲自负责运送至云居寺。
在惠暹和玄法刻经时，雷音洞及其左右各洞藏经已满，于是又在雷音洞下开凿两洞，将所刊刻石经藏于此洞内。玄法时期于唐开元末年开始刻造玄奘所译长达600卷的佛经《大般若经》，754年刻至163卷。
在此期间，静琬的第三代弟子惠暹对云居寺进行了第一次重修。金仙公主奏请唐玄宗，将云居寺四周东接房南岭，南逼他山，西止白带山，北限大山分水岭的大片山场划给云居寺作为刻经费用。
云居寺僧人为了感念金仙公主之德，特于白带山顶的石塔上刻下铭文，这座石塔世称"金仙公主塔"。此塔为笋状四面小石塔，通高3.67米，其下部由四块汉白玉石板竖砌成方形龛状塔身，龛门浮雕拔券，门两侧各浮雕金刚力士一尊，上部为七重宝檐，宝珠刹，造型酷似西安小雁塔和云南大理三塔。金仙公主塔至今仍完好地立于白带山顶。
"安史之乱"爆发后，房山的刻经工作也未停止。自789年至809年，受幽州卢龙节度使刘济的施助，用了20年左右，续刻了《大般若经》300卷前后至412卷的100余卷，终唐之世，这部600卷的《大般若经》续刻至第520卷左右。
唐武宗登基后，主张废佛，云居寺被迫停废，后虽得恢复，但唐末至五代的战乱使石经刊刻被迫停顿下来。
到了940年，后晋开国皇帝石敬瑭划燕云十六州归入辽人版图，在辽皇室的支持下，云居寺开始转机，再度兴盛。
964年，云居寺住持谦讽和尚对云居寺进行了大规模修复，共修建大小庙宇70余间，使唐末五代以来"风雨之坏者及兵火之残者"得以修复，并且扩大了云居寺的规模。
谦讽和尚与辽官员朝议郎行右补缺王正合力倡导，云居寺广联僧俗，结千人邑会，成为我国古代为寺院募捐的社会宗教组织。对于谦讽组织的千人邑，南宋史学家王正在《重修范阳白带山云居寺碑》中记载：春不妨耕，秋不废获。立其信，导其教，无贫富先后，无贵贱老少，施有定例，纳有常期，贮于库司，补兹寺缺。
1027年，涿州刺史韩绍芳游览白带山，发现了刻经始末，乃奏请辽圣宗耶律隆绪恢复刻经，辽圣宗赐普度坛利钱为刻经经费，又委派瑜伽大师可玄提点镌修，勘讹刊谬，补缺续新，重启辽代大规模刻经。
韩绍芳先补刻了《大般若经》中残损的10卷经文，接着又开始从521卷刻起，续刻了《大般若经》的最后80卷。
1041年9月，涿州刺史刘湘承袭前任韩绍芳续刻《大般若经》至第600卷，计经碑240条，最终完成此经的镌刻。
《大般若经》的刊刻历经唐至辽代共计300年时间，共刻石1512条，是《房山石经》中最多的一部。
此后，至1057年云居寺刻完全部《大宝积经》120卷，计经碑360条，至此完成4大部佛经，它们是：《华严经》、《大涅槃经》、《大般若经》和《大宝积经》。
辽代的早期刻经均藏于藏经洞内，后由于各洞已满，至辽大安年间的通理大师时开始改单面刻经为两面刻经，并由大板改为小板，大字改为小字。通理师徒所刻的4000余片经碑和道宗刻经碑180片，均暂时放于山下。
由于藏经洞已满，自辽代起，云居寺僧人在云居寺南塔所在塔基的南侧建起一座石经地宫，用以珍藏辽金时期所刻的《契丹大藏经》10082片。
