格列佛第三次出游到了飞岛国。那是在一七○六年八月五日，他乘坐大商船“好望号”到印度支那和马来亚一带航海。因受到海盗袭击，他被海盗放逐到一条独木舟上，幸好海浪把他送上了陆地。登崖岸后，他了发现了一种奇异的现象：空中飞来了一座住满了人的岛屿，把太阳遮蔽了六、七分钟。然后，那飞岛降落到地面，格列佛便乘机爬了上去。飞岛上的人面貌和服饰都很奇特。“他们的头不是向右偏，就是向左歪。他们有一只眼睛凹在里面，另一只眼睛直冲着天顶”。他们的外衣上装饰着太阳、月亮、星球的图形；他们的发音器官和听觉器官都很迟钝，要用一个吹胀了的尿脬拍击他的嘴和耳朵，他们才能说话和听话，否则他们会把刚刚发生的事忘记。
岛上的人总是惶惶不安，因为他们对天文很有研究。害怕太阳一天天接近地球，地球会被太阳吞食了。他们早上一遇见熟人，便首先问候太阳的健康。这个飞岛只有一万英亩左右，底层由金刚石层构成，靠一块磁石操纵能随意升降。飞岛上住着国王和他的贵族们，还有些工匠、妇女和儿童。国王统治着飞岛外的大片领土和属国。如果臣民们不服从或进行叛乱，他便驾着飞岛飞临肇事地点的上空；轻则夺他们享受阳光与雨水的权利，重则用飞岛直接落到他们的头上，压碎一切房屋建筑和人畜。
格列佛在飞岛上遭到冷遇。他没住多久，国王便把他发遣到下界首都拉格多去。在这里，他结识了贵族孟诺第，参观了他的田庄，同时访问了国家科学院和学校。这里科学家们正兴致勃勃地在进行各种可笑的研究：有的在埋头设计如何从黄瓜里提取阳光；有的想把粪便还原为食物；用猪耕地；还有的想利用蜘蛛织网，用风箱打气法治病等等。在学校教育中，这里的人，准备取消词汇，认为这样有益于健康。一位教授正在写一本关于如何侦破反政府阴谋的书。于是格列佛向他介绍了兰敦（暗指伦敦）关于这方面的做法。格列佛说：“那里的居民差不多都是侦探、见证人、告密者、上诉人、起诉人、证明人、发誓控告人和他们手下的爪牙……在这个王国里制造阴谋的人大都是企图抬高自己的政客身份，使一个软弱无能的政府恢复元气，镇压或者缓和群众的不满情绪，窃取没收来的财物填满自己的口袋，左右舆论使它能符合于个人利益“。教授听了很高兴，准备把它写进书里去。
格列佛离开拉格多后，到了飞岛另一属地巫人岛。这里的长官精通魔术，能把死去的鬼魂召唤前来。格列佛会见了亚历山大、凯撒、庞贝、荷马、亚理士多德等历史上的有名人物。他还将罗马的议会和现代议会作了一番比较，认为：“罗马的议会好象是英雄和半神人的聚会，而现代的议会却象是一群小贩、扒手、强盗和暴徒。”同时，他还要求会见了古代英国农民，认为“他们风俗淳朴，衣服饮食简单，一向公平交易，具有真正的自由精神，勇敢爱国，他们这些美德在过去都是很有名的”，而现在“都被他们的子孙为了几个钱给卖光了”。后来，格列佛又游历了拉格奈格王国，这里的臣子谒见国王时要舔地板，国王把毒药撒在地板上杀死他不喜欢的大臣。在这里他还见到了长生不老的人，了解到长生不老并不是一件幸福的事。他乘船到了日本。一七○九年四月，他搭乘荷兰船回到英国。这次航历时五年六个月，是时间最长的一次。
