有机肥成分复杂，在施用时做到合理尤为重要。施用不当会造成养分流失，甚至出现农作物根系吸水困难，发生烧根、僵苗等现象。
有机肥应充分腐熟后施用。若一些动物粪便如猪牛栏肥以及人粪尿未经发酵腐熟直接施入土壤，这些未经腐熟的有机肥在土壤中经微生物分解发酵，产生的氨气容易引发作物烧根、中毒，有的还会滋生杂草和传播病虫害。因此，应提倡将其充分发酵后施用。可以在田边地头建贮粪池发酵，或者将堆肥堆积加水湿润，用泥封住，使其温度达到35-40℃，经过25-30天即可发酵完毕，将粪肥在60℃条件下充分发酵，可杀灭其内的虫卵和杂草种子，使用时更安全有效。
不宜过于集中或施用量过大。尤其在旱地作物施肥时，如果直接将有机肥施于行间或作物根部附近，因旱土持水量小，根系周围一时浓度过大，根系接触到肥堆后，会造成作物生理失水，形成反渗透现象，作物不但吸收不到养分，反而会使根系内的水分和养分外渗，使作物生长不良或出现萎蔫而失水死苗，造成土壤养分不平衡。因此应将有机肥用作底肥，均匀地拌于土壤中，做到与土壤融为一体。在生长期施有机肥，应开沟条施或穴施，施后覆土，切不可撒于地面。叶菜类蔬菜一般不宜用高浓度液体有机肥作叶面肥喷施。
有机肥的施肥方法
晒干施用肥效损失大。在一些地方习惯将有机肥料如猪牛栏粪肥，在太阳下晒干或者施在旱土作物表土上，这样做的结果是让粪肥长期日晒雨淋，氮素已经挥发损失，速效磷钾也会流失大半，而且污染环境。有的地方在采用秸秆还田作有机肥源时，因发酵腐烂不充分，又过于集中施用稻株行间，结果是在腐烂中产生大量硫化氢，多有气泡冒出，使稻根变黑，禾苗迟发，不及时补救会使全田出现僵苗，引起减产。遇到这种情况，应立即排水晒田，在排水晒田后及早喷施复硝酚钠等促进根系生长的生长调节剂，并加1%磷酸二氢钾和1%尿素混合喷雾，可较好恢复正常生长。
合理搭配使用。秸秆、猪牛栏粪肥、绿肥等有机肥，其纤维素（即碳素）含量多，氮素含量少，如果这种肥料用量过大，易引起农作物前期缺氮和僵苗不发，这就是稻田秸秆还田必须配施碳铵来补充氮素的道理。因此作物施用有机肥不是越多越好，一般每亩施栏肥1000-1500公斤或绿肥1000-1500公斤，并在施用时加入适量的碳铵或尿素，以调节其碳氮比，满足微生物的需要，防止出现微生物与作物争氮的现象。有机肥中的羊粪养分含量高，分解速度快，肥效较猛，应在施用时加入适量猪粪或牛粪，达到肥效平稳的目的。有机肥料中配施磷肥，有利于提高磷肥肥效，有机肥料与生物肥料搭配也有利于提高肥效。
