琉璃百灵帝君最后受到了惩罚

是的，柏麟最后收到了惩罚。在电视剧《琉璃》的剧情中，天帝让柏麟看到了种种真相，如果他不下毒，那么天界与修罗族早已停战，如果他不下界干扰战神渡劫，那么战神就会被司凤所感动，回归天界，放下仇恨，如果他不让修罗族灭绝，那么罗睺计都也不会来复仇，想要会掉洪蒙熔炉，人界也不会有天火降临。

看到这些真相，柏麟明白了自己的错误，自愿毁掉自己的修为，重新入度厄道修行，这是他对自己的惩罚