玛瑙石有自然色的，也有后加工染色的。玛瑙的自然色很丰富。红玛瑙：红是玛瑙的一种主色，一般玛瑙呈褐红色、酱红色、黄红色。有些玛瑙颜色表现不均匀，像南红玛瑙，其内部就有红色的点。高品质的玛瑙一向都以质坚、色红、透明者为佳。
各种级别的玛瑙，都以红、蓝、紫、粉红为最好，并且要求透明、无杂质、无沙心、无裂纹;其中，块重4.5公斤以上者为特级，1.5公斤以上者为一级，0.5-1.5公斤为二级。
玛瑙的颜色分为自然色和人工染色。其中自然色主要有红色、琥珀色和白色。其中，以红色为最好。市面上出售的蓝色、紫色的玛瑙首饰不是本色，是经过加工后染上的，用几年后会出现退色。经染色的玛瑙大都是自然杂色，不易直接加工成首饰。
