1工程施工管理控制体制的缺失
目前，在国内大中型国企中，在项目管理中相关管理人员的责任权利管理不够明确，相关的规章制度的制定不够完善，这是大多企业中存在的普遍问题，这些问题的存在会大大影响到项目的进行。由于在项目管理工作实际执行的过程中会出现许多没有预料到的问题，所以会使得项目的管理和期望值出现很大的落差。
2工程施工成本控制的缺失
成本控制在水利工程施工管理的过程中是一个关键因素。它主要表现在下列方面：自从我国社会主义市场经济体制的建立后，通过它的不断完善，加剧了水利工程项目的竞争，项目的招投报价会存在一定的风险，从而在招标环节，这个风险就会被放大。甚至有可能在投招标的过程中，招标费用超过了本身的有效掌控，从而就会对工程项目施工建设的正常进度造成一定得延期与影响。除此之外，大多数水利工程项目的施工单位的成本控制更多地还停留在理论层面，研究更多的还是理论知识，并没有把成本控制这个概念确确实实落实到实际的施工管理之中，所以就会导致成本管理政策实际上只存在于形式上，而没有起到真正的效果。
3水利工程施工安全问题
水利工程项目的施工地点大在地形条件、地质条件比较复杂的地区，所以相应的施工现场也会存在很多安全隐患。一般来说，大多安全事故主要是由于人的不安全行为引起的，水利工程施工现场出现的安全事故也不例外，包括施工管理人员安全培训不够、安全意识不足、不遵守规章制度、现场机器设备落后等因素。由于大多数的水利工程施工时不愿意在施工安全方面投入大量的资金，所以相应的检测预警设备配套装置不齐全、也不先进，导致了在实际的项目施工过程中，安全施工管理政策几乎无法发挥太大的作用。
